Bispen var byens første tolder
Siden middelalderen har fremmede købmænd og skibe betalt told af de varer, de indførte til København. Derfor har byen haft en toldbod, siden Roskilde-bispen overtog byen.
København er gennem århundreder vokset frem ved sin havn. Allerede længe før, biskop Absalon lagde sin borg på den lille ø Strandholmen, var der livlig trafik og handel langs kysten i det stille vand mellem de mange små holme og øer, der lå ud for kysten. Denne trafik og handel fik magthaverne hurtigt sat en skat på, som blev opkrævet i form af told.
Den ældste merkantile havn menes at være "Gammelbodhavn", der lå ved den daværende kystlinje langs sundet Dybet. Det adskilte øen Bremerholm fra Sjælland, og kysten fulgte stort set Vingårdsstrædes forløb. Men hele vejen hen langs kysten til den lille landsby Havn nord for Vandkunsten kunne skibene trækkes op på den lave strand. Ved indsejlingen til Dybet var der, allerede før Absalon, en bebyggelse, og måske en kongsgård med et befæstet kvadrestens-tårn, hvor Magasin du Nord ligger i dag. Gårdens rester findes i kælderen til Vingårdsstræde nr. 6.
Tårnet og gården ses første gang i skriftlige kilder i 1328 som; "curia australis, quæ dicitur østrægart", dvs. "gården mod syd, der kaldes Østergård", og som husede kongens foged. På gården forsøgte man sig senere med vindyrkning for kongen, hvad gav gården navnet Vingården, og det senere stræde navnet Vingårdsstræde.
Gården og tårnets opgave var at beskytte havnen, og der var lagt en bom over Dybet til Bremerholm, der kunne lukke for indsejlingen til Gammelbodhavn. Under middelalderens sildeeventyr i Øresund voksede handlen ved den lille havn voldsomt. Det var kongen og hans foged ikke sene til at udnytte økonomisk.
Told på sildemarkedet
Sildemarkedet foregik fra Skt. Bartholomæus Dag, den 24. oktober til Skt. Dionysius Dag, den 9. oktober. Her strømmede fremmede købmænd til byen for at opkøbe sildene og afsætte deres varer.
Handlen foregik på Østertorv, der lå på det dengang ubebyggede område mellem Østergade og kysten ved Vingårdsstræde. Men kongens foged på Østergård tog sig betalt for at lade købmændene handle på markedet. For det første skulle skibene erlægge et vederlag for at ligge i den beskyttede havn.
Herudover skulle der betales "Bodepenge" for at opslå sin bod Østertorv.
Under tronfejden mellem Svend, Knud og Valdemar udbyggede Svend Grathe landbefæstningen omkring »portus mercatorum« - Købmændenes Havn. Skibene blev større, og Dybet var begyndt at sande til. Derfor var skibene begyndt at søge ind i det trekantede bassin, der ligger mellem Højbro og Gammel Strand, Bremerholm og Slotsholmen.
Efter at Valdemar I. havde sat sig på tronen, overgav han i 1167 hele Støvnæs halvherred, (senere en del af Sokkelunds herred), til sin fosterbroder Absalon, der i mellemtiden var blevet biskop i Roskilde. Absalon befæstede havnen ved at bygge sin borg på Strandholmen, der først i 1650 skiftede navn til Slotsholmen. Men de gode bisper var dog så verdslige, at de gerne ville have toldindtægterne af handlen i byen.
Den første toldbod
Roskilde-bispen lod senere et tårn opføre ud til vandet på Slotsholmens sydside, over for den nuværende Boldhusgade. Her blev Københavns første toldbod indrettet. Over havneløbet, den nuværende Børskanal, blev lagt en svær bom. Her skulle skibene lægge ind ved ind og udsejling, og erlægge de afgifter som bispens foged pålagde dem. Sildefiskerne skulle bl.a. betale den såkaldte "Bartholomæustold". Vagten i tårnet lukkede og låste bommen hver aften, og åbnede den igen om morgenen. Ved havnens modsatte ende opførtes "Endeboden", som menes at have ligget midt mellem Knabrostræde og Rådhusstræde.
Området mellem tårnet og endeboden udgjorde havnens grænser, og var herudover et "fredlyst" distrikt. I Roskilde-bispens jordbog fra 1380 kundgøres, at "fred skal holdes fra tårnet til Endebod", og i Erik af Pommerens stadsret fra 1294 hedder det; "hvo som og bryder fred i det hus, som man kalder Endebod, eller på den gade, man går tilskibs, da skal bøde."
I samme stadsret bruges også ordet "Toldbod" i stedet for Endebod, hvad antyder, at toldboden har været forlagt hertil. Den første tolder, der nævnes ved navn er Hakon Tollære, der i 1380 skal havde boet på hjørnet af Gammeltorv og Nørregade. I 1516 fik handlen og toldvirksomheden en voldsom opblomstring, da Christian II. påbød, at al import og eksport skulle gå over København. I 1560 blev det gamle toldtårn nedrevet, og al toldvirksomheden blev henlagt til Endeboden. Men de stadig stører skibe havde problemer med at komme ind i havnen ved Gammel Strand. Under Christian IV flyttede Toldboden flere gange.
En kort tid fik den i 1619 til huse i Holmens Kirke, men det var kun en midlertidig løsning. I forbindelse med anlæggelsen af Christianshavn og Knippelsbro, lod Christian IV i 1623 opføre "Kongelig Majestæts Toldhus" ved broen på Christianshavn. Men bommen lå fortsat ved havnen på Sjællandssiden.
Byen udvides
I forbindelse med udvidelse af byen med Ny København ønskede Christian IV. også at flytte toldboden. Ved planlægningen af Sankt Annæ Skanse (senere Kastellet), besluttede han at flytte toldboden herud til en lille ø i den sumpede kyst.
Herfra var der sporadisk færgefart til Malmö. Både på Amager- og Sjællandssiden lod kongen opføre befæstede bomhuse. Der blev nedsat pæle i havneløbet, i hvis midte der var en åbning, der kunne lukkes med en bom, ligesom inde ved det gamle toldtårn på Slotsholmen. Denne indsejling fik navnet "Bomløbet".
I 1628 indførte kongen en importtold på sild, silke og klæder, og indviede samme år sin nye toldbod. Der var ganske vidst ingen egentlig bygning endnu, men tolderne skulle opsætte et skilt, der kundgjorde over for ankommende skibe, at her lå "Den kongelige Toldbod". Den lille indskæring til toldboden fik øgenavnet "Det røde Hav". Skibene ankrede op på Rheden, og passagerer blev roet i land. Importerede varer blev fortoldet, og ofte bragt i land ved toldboden. Ud til den blev der i 1632 anlagt en dæmning, nogenlunde der hvor Esplanaden går i dag.
Øst for toldboden blev dæmningen "den lange linie" anlagt ud for Kastellet. Andre dæmninger blev anlagt, og på området opstod flere tømmerpladser. Da Frederiksstaden anlægges i 1750-54 må disse tømmerpladser vige på grund af brandfaren.
I 1731-33 lod Christian VI. det gamle og meget ombyggede Toldbodshus fra Christian IV.'s tid erstatte af en toetages bygning på Søndre Toldbod med åben arkade mod havnen, og en halvrund frontispice med sandstens-relief hvori kongens portræt indgik. Relieffet sidder i dag på Toldkammerets gavl i Toldbodgade. I 1782 blev "Det røde Hav" opfyldt, og kort herefter blev de gamle vagthuse af træ på Nordre Toldbod afløst murede vagtbygninger.
Uden for Toldboden lå en række værtshuse, der tilsammen blev kaldt "Lumskebugten". Her skulle en sømand vogte sig for at slippe helskindet igennem med sin hyre i behold. Toldboden var hovedporten til København, da de fleste udenlandske gæster ankom med skib.
Men den tiltagende trafik resulterede i, at Havnevæ-snets kontorbygning afløste vagtbygningerne på Nordre Toldbod i 1868. Den var tegnet af Vilh. Dahlerup, samme arkitekt der tegnede ankomsttrappen, hvor mange kongelige modtagelser siden fandt sted. På Søndre Toldbod lå til 1869 fattigbebyggelsen "Lille-København". Lumskebugten blev ryddet, og Christian VI's Toldkammer blev nedrevet i 1891, og afløst et nyt toldbygningskompleks i 1894.
Da A.P. Møller købte størstedelen af Søndre Toldbod til sit hovedsæde, blev alle Toldvæsnets bygninger nedrevet i 1974, og det ny Toldkammer opført på hjørnet af Toldbodgade og Amaliegade, hvor der efter 800 år stadig fortoldes i København.